柯南、灰原及少年偵探隊成員步美、光彥、元太隨博士這日露營完畢繞道參觀西多摩市新建于富士山前的日本第一雙塔摩天大樓毛利小五郎恰也應雙塔所有者、他的學妹常盤美緒之邀攜小蘭、園子參加開幕典禮美緒介紹下他們認識以畫富士山聞名的畫師如月峰水、市議員大木巖松、雙塔的設計者風間英彥（森谷帝二的弟子第一彈《引爆摩天樓》中森谷曾向新一挑戰）、天才程序員原期間灰原的舉動異常　　大木提前入住B塔被害目暮警官著手調查發現他與美緒似有不同尋常關系不久原亦被殺害于家中因為現場都留有與日本畫畫師作畫時所用的乳缽相似的小酒杯碎片兩起案件似系一人所為柯南由小酒杯聯想到灰原曾效力的、以酒名為綽號的黑暗組織并注意到第二起案件中碎片上未沾染血跡與此同時他找到灰原舉動異常的原因卻發現她正被人追蹤而園子玩笑弄的發式令她像極了雪莉（灰原）　　開幕酒會上美緒向賓...