在參拜母親墳墓的回程途中真嗣（緒方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻擊關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾（宮村優子 配音）與沉默寡言的綾波麗（林原惠美 配音）不同明日香自信張揚甚至有些自大在和真嗣相處的日子里彼此鬧出不少的笑話他們三人分別駕駛著零號機、初號機和2號機抵抗了第八使徒猛烈的攻擊在這一過程中淡淡的情愫悄然在這三個青年男女的心中萌生不久后第九、十使徒相繼降臨真嗣他們面臨著生與死的殘酷考驗…… 　　本片為福音戰士新劇場版四部曲第二部